縄文中期･後期末葉の竪穴住居址が見つかっているが、中期の住居址の中には家屋材と見られる炭化材が検出されたことから、焼失した住居と考えられている。
出土遺物としては、縄文･弥生･平安時代の三代にわたり、土器･石器･骨角器などが多数出土している。

北海道系（中茶路式）土器が出土

縄文中期では日本最大級の集落で、丘陵の南東斜面の標高63～73ｍに位置し、竪穴住居址約500軒･土壙約900基のほか配石遺構･屋外炉･掘立柱建物址などが環状に配置された状態で発見されている。

長期間にわたり定住生活が営まれた大規模な集落跡で、竪穴住居、成人用土抗墓、小児用甕棺墓、掘立柱建物、盛り土、捨て場、粘土採掘穴、貯蔵穴、道路などが計画的に配置されています。
遺物では、膨大な量の土器や石器のほかに日本最多の。
2000年に国の特別史跡に指定。

亀ヶ岡遺跡の北側に位置し、谷をはさんで向かい合う標高約２０ｍの段丘上に位置します。
縄文時代前期の竪穴住居のほか、ヤマトシジミ、イシガイなどの貝類を中心に、魚類、鳥類、ほ乳類など大量の骨が発見されており、当時の食生活や狩猟・漁労に関する貴重な情報が得られました。
　また、約６０点のベンケイガイが出土しており、ここで、ベンケイガイの貝輪（ブレスレット）作りが行われ、青森県内のみならず、北海道まで運ばれていたものと考えられています。

前期・中期の一王寺遺跡、中期の堀田遺跡の総称として是川石器時代遺跡と呼ばれています。

縄文時代前期から中期末にかけて栄えた、貝塚を伴う集落跡で、氷河期が終焉し、海水面の上昇により徐々に列島の内陸まで海水が押し寄せた縄文海進の時代、二ツ森貝塚の人々は舌状台地であるこの地にムラを築きました。

縄文前期から中期にかけて流行した円筒式土器のうち、北海道道東にその文化の中心を有する東釧路Ⅳ式土器が出土したことから、両地域の文化交流･交易が窺える。
当遺跡からは石鏃･石槍･石錘･石匙･磨製と打製石器･石皿･有孔石製品･不定形石器･石棒･石刀など多種多量の石器類が出土しており、当地に石器工房があったと考えられる